在公司分立过程中，小股东的利益往往容易被忽视。由于小股东在公司中所占股份比例较小，他们在公司重大决策中的话语权有限，因此在公司分立时更容易受到不公平对待。为了保障小股东的合法权益，必须采取一系列有效措施。

首先，法律保护是小股东利益的重要保障。我国《公司法》明确规定了公司在分立时应遵循的原则和程序，包括通知股东、召开股东大会、进行资产分割等。这些规定为小股东提供了法律依据，使其能够在分立过程中依法维护自身权益。

其次，公司章程的制定也对小股东利益保护具有重要意义。公司章程可以明确规定公司在分立时的决策机制、股东权利以及利益分配方式。通过合理设置公司章程，可以有效防止大股东滥用权力，保障小股东的知情权和参与权。

此外，信息披露制度也是保护小股东利益的重要手段。公司在分立过程中应当及时、准确地向所有股东披露相关信息，包括分立方案、资产分割情况、财务状况等。只有在充分了解公司分立细节的前提下，小股东才能做出理性决策。

同时，设立独立的审计机构或第三方评估机构，有助于确保公司分立过程的公正性和透明度。这些机构可以对公司的资产、负债及经营状况进行全面审查，确保分立方案符合法律规定，并且公平合理。

另外，小股东可以通过集体行动来维护自身权益。例如，联合其他小股东共同提出异议、要求召开临时股东大会，甚至通过法律途径追究公司管理层的责任。这种集体力量可以在一定程度上弥补个体小股东在公司治理中的弱势地位。

最后，加强监管和执法力度也是保护小股东利益的关键。监管部门应加强对公司分立行为的监督，确保公司严格按照法律法规进行操作，防止损害小股东利益的行为发生。