在商业合作中，退股协议是股东之间解除合作关系的重要法律文件。然而，有时候即使签署了退股协议，却因为各种原因未能及时完成工商变更登记，导致公司股权结构长期处于不稳定状态。这种情况下，如何处理就成了一个亟待解决的问题。

首先，我们需要明确退股协议的法律效力。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，退股协议一旦签署并生效，就具有法律约束力。但需要注意的是，协议的生效并不等同于股权变更的完成。如果未及时办理工商变更登记，那么从法律上讲，原股东的身份仍然存在，可能会影响公司的正常运营和后续的股权转让。

其次，退股协议签署后半年仍未进行工商变更，可能会引发一系列问题。例如，原股东可能仍然享有分红权、投票权等股东权益，这会直接影响新股东的利益。此外，如果公司涉及诉讼或债务问题，原股东仍可能被牵连，给公司带来不必要的风险。

面对这种情况，企业应当尽快采取措施，确保股权变更的合法性和有效性。第一步是确认退股协议的有效性，包括签署主体是否具备完全民事行为能力、内容是否符合法律规定等。第二步是准备相关材料，如公司章程、股东会决议、退股协议等，并向工商行政管理部门提交变更申请。

如果公司在办理过程中遇到困难，可以寻求专业律师的帮助。律师可以帮助审查协议内容，指导变更流程，并在必要时协助与工商部门沟通。此外，还可以通过法律途径维护自身权益，比如提起诉讼或仲裁，要求对方履行退股义务。

值得注意的是，即便退股协议已经签署，但若未及时办理变更手续，公司仍需承担相应的法律责任。例如，在公司经营过程中出现债务纠纷时，原股东可能仍然被视为公司股东，从而需要承担连带责任。因此，及时办理工商变更不仅是法律要求，也是保护公司和股东利益的必要措施。

总之，退股协议签了半年没有变更的情况虽然常见，但不能忽视其潜在的风险。企业应高度重视，尽快完成工商变更手续，以确保公司股权结构的清晰和稳定。同时，建议企业在今后的合作中，提前了解相关法律法规，避免类似问题的发生。